中医传统理论认为，神是脑物质细微精深的结构和脑的功能活动。狭义的神为心神，藏于心；广义的神，藏于脑。广义的神既包括心神，还包括魂、魄、意、志、思、虑、智等内容。脑神是各神之首，精神、意识、思维、知觉都是在脑神的作用下产生的；心神、肝魂、肺魄、肾志、脾意亦在脑神的作用下，发挥各自的生理功能；关节的活动，皮肤的感觉，眼、耳、鼻、舌的作用同样都离不开脑神。
中医认为“神”可以调节人体形体的动与静，精神的兴奋与抑制，情绪的喜、怒、哀、乐、爱、恶，个性的刚与柔、静与噪，身体的屈与伸等等。这是“神”的调节与控制功能。中医还认为神可调节阴阳，而阴、阳在生命物质运动最佳自稳态理论中，被看做是生命物质运动对最佳有序状态的偏离。调节阴阳，即调节生命物质运动对最佳有序状态的偏离。气功中的“调神”是通过调节神经系统的功能，让生命物质运动处于最佳自稳态，保证身体健康。所以气功家认为养神才能养形，调神是练功的核心。
关于神的物质结构，中华传统中医基础理论认为，脑神的物质基础是“精”。“精”是我们定义的生命物质，而生命物质当然包括构成神经细胞的各种物质与营养成分，故脑神的物质基础是精。传统中医还认为，“神由先天之精生成，当胚胎形成之际，脑髓随之生成，生命之神即已产生和存在。”这正是脑神经系统的生长发育过程。
中华中医认为，形体生成之后，神赖后天水谷精微营养而成长，神的生长发育源于后天水谷精微。中医是通过宏观整体观察并在实践经验中总结出来的理论，缺乏解剖学的依据是中医的一个特点。中医现代化的任务之一，就是把缺少现代科学与现代生理解剖学依据的模糊论述，从运动观视角，用现代科学知识调整过来。在比较研究中，中医“神”的构成和功能显然与现代医学中的“神经”系统有本质内在联系，或者说中医的“神”主要是现代医学中的“神经系统”。中医有时也把“神”理解为“精神状态”。因为它与生命的活力有关，因此可归结为“气”的范畴。中医的气与神就是紧密联系的两个概念。
精、气、神是中医基础理论的重要组成部分。前面对精、气、神的现代科学剖析只是引玉之砖，还有许多地方需要更进一步的分析与推敲，尤其是与基因遗传物质相联系，还会有更广阔的认识天地，但这并不妨碍我们对精、气、神的现代科学的基本界定。“精”是生命物质，“气”是生命物质的活力，“神”主要是人体的神经系统。由于中医是一门用朴素自然哲学指导的应用科学，因此在其理论体系中，有许多是由行医经验推测出来的东西，有些完全是猜测。这些都需要我们在中医现代化的过程中通过去伪存真，去粗取精，加以调整。中医基础理论的现代化建构任务是艰巨的，但是中医现代化的必经之路。
